La sede AICS di Nairobi è competente per Kenya, Somalia, Tanzania (Paesi prioritari AICS) e Repubblica Democratica del Congo. Si tratta di Paesi che presentano un quadro di sviluppo altamente differenziato tra loro, tra quelli in forte crescita e avviati verso un solido sviluppo, e Paesi che si trovano a fronteggiare sfide in ambito economico, ambientale e umanitario.
Seguendo il modello della sede AICS di Roma, la sede di Nairobi è organizzata in uffici tematici che operano trasversalmente nei quattro Paesi di competenza, considerando che le problematiche affrontate spesso hanno una dimensione regionale. I team sono strutturati secondo i seguenti ambiti tematici: infrastrutture e sviluppo urbano, sviluppo rurale e ambiente, settore privato, empowerment femminile e sostegno alla società civile, salute, emergenza, che operano in sinergia con gli uffici di relazioni istituzionali e di comunicazione.
